O MDF-e acompanha a carga do carregamento ao destino e tem dois jeitos de terminar: o cancelamento, quando ele não deveria ter existido, e o encerramento, quando a viagem acabou. Esquecer o encerramento trava a emissão seguinte. As regras abaixo estão no Manual de Orientação do Contribuinte do MDF-e (MOC 3.00b), publicado pelo fisco.

Cancelamento: só nas primeiras 24 horas

O MDF-e pode ser cancelado em até 24 horas da autorização. Depois disso, a SEFAZ devolve a rejeição 220 ("MDF-e autorizado há mais de 24 horas").
Na Nota Fiscal Fácil, usada pelo transportador autônomo, o prazo é de 168 horas.
MDF-e já encerrado não pode ser cancelado (rejeição 609), nem o que já teve a circulação registrada pela fiscalização (rejeição 219).
Fora do prazo, só com a liberação do fisco, registrada como evento "Liberação do Prazo de Cancelamento".

Passadas as 24 horas, o caminho normal é encerrar o manifesto e, se for o caso, emitir um novo.

Encerramento: ao final do percurso

O encerramento informa ao fisco o fim da vigência do MDF-e. Ele é obrigatório ao final do percurso e também quando um novo MDF-e precisa ser emitido porque mudaram o veículo, a carga, os documentos ou outras informações da viagem.

O evento informa a data e o município de encerramento. No exterior, o código do município é 9999999.
A data de encerramento não pode ser anterior à autorização (rejeição 615).
O encerramento pode ser registrado pelo proprietário ou possuidor do veículo de tração, quando não é o emitente (encerramento por terceiro).
MDF-e com carregamento posterior só encerra depois da inclusão dos documentos fiscais (rejeição 715).

Manifesto em aberto bloqueia a próxima emissão

O manual prevê quatro bloqueios para o modal rodoviário quando sobra MDF-e sem encerrar:

611: já existe MDF-e aberto para a mesma placa, o mesmo tipo de emitente e a mesma UF de descarregamento;
686: o emitente tem MDF-e aberto há mais de 30 dias;
462: a placa tem MDF-e aberto há mais de 5 dias, com até duas UF de percurso informadas;
662: a placa tem MDF-e aberto no sentido oposto da viagem (a volta foi emitida sem encerrar a ida).

Os quatro devolvem a chave do manifesto mais antigo que causa o bloqueio. Basta encerrá-lo e reenviar. O manual também prevê o encerramento pelo fisco, mas contar com ele é contar com o caminhão parado.

E o CT-e da viagem?

O CT-e vinculado a um MDF-e autorizado não pode ser cancelado enquanto o MDF-e não for cancelado. Os prazos e as alternativas do CT-e estão em cancelar, corrigir ou substituir o CT-e.

Rotina que evita o problema

Cancele só nas primeiras 24 horas e antes de a circulação ser registrada.
Encerre no destino, com o município certo, ou antes de emitir um manifesto novo para a mesma carga.
Consulte, toda manhã, os MDF-e não encerrados da empresa. O serviço de consulta existe exatamente para isso.

O passo a passo da emissão está no guia prático do MDF-e, e o caminho dos documentos, no infográfico do CT-e e do MDF-e. No GW Trans, o planejamento, o acompanhamento e o encerramento das viagens ficam junto com a emissão e o controle dos documentos fiscais.